时轮学院，除学习修观时轮密乘外，主要是学习时轮天文历算的园地，故又称“时轮修法院”。塔尔寺时轮学院藏语全称为“丁科柔丹洛赛林”，’意为“时轮具种慧明洲”，简称“丁科札仓”，始建于藏历乾隆年清嘉庆二 ”，始建于藏历乾隆年清嘉庆二十二年(1817年）。是大法台却西·阿旺协智丹臼尼玛按照上师香萨班智达·罗桑达杰嘉措的意图而主持创建的。

　　学院学僧除参加寺院举行的佛事活动和本学院进行法会外，学习研究的主要内容有三个方面。一是术科，术科以讲授经文为主，兼修律仪，闭关修持，背诵闭关前行四支术，预备加行六支术以及灌顶法，要求学僧在时轮术科方面学有成就；二是里科内修，主要阐述宇宙中众生依赖生存的规律法则，求学僧以术科内所熟悉的预备行为前导，获得里科内修时生起的证悟；三是表科外修，主要讲解整个宇宙的生起、运行规律及毁灭。时轮乘认为宇宙轮转与时季变化，犹如一个有规则的巨轮，年复一年，昼夜不息地运转，故称“金刚时轮”，即表科外轮。这门学科详细论述整个宇宙的生起形成与运转规律以及将来毁灭的道理，并解释“劫”的缘起。在修学过程中，以讲、听为主，传授推算仪和图谱，观测经纬和星座位置，亦修“数理”推算法和占卜法、天文历算法、天干地支运用法等。其中四世班禅桑却吉坚赞的《时轮广释》中的“摄义真实性光明”代赤加木样图旦尼玛的《时轮起次第论》和克珠杰的〈时轮圆满次第笔录》、《时轮教授秘诀念修四支》和《瑜伽加行六支》灌顶等是学僧的必修课。课程主要由学院堪布和讲经师讲授。时轮学院尚未创建之前，由香萨班智达·罗桑达杰嘉措为全寺几千僧人传授时轮灌顶加行法，四种灌顶和七种灌顶法。为时轮学院传授时轮法之始。1935年4月，九世班禅大师洛桑图旦却吉尼玛莅临塔尔寺，在这里先后几次为全寺僧众传授时轮灌顶大法，有青海蒙藏各族信教群众数万人参加。他还要求寺院在四面各建一座时轮大塔，1943年，寺院遵九世班禅大师的遗愿，在大护法神殿(小金瓦殿)门前建了一座高13米，周长36米的大时轮塔。时轮学院于三月初八日，绘制彩粉曼荼罗修供时轮金刚坛城进行烧祭护摩、诵修供龙。凡逢初八日施供卓玛度母，逢十三日礼供十六尊者(十六罗汉)，十五日和十六日是修供时轮金刚的良辰吉日，二十九日向护法本尊诵修“岗索”经文。车夏季法会期间，学习诵经音调快诵法和缓诵法以及结手印法；修夏安居时，练习跳神舞和弹线法；秋季法会时学习法乐击奏和吹奏；春季法会时诵修“时轮金刚法”。学院经堂内除供奉释迦牟尼、宗喀巴大师、文殊菩萨、无量寿佛等佛像外，主供时轮金刚像，红铜馏金，其造形有一千只手、一千颗头，俗称千首千手时轮金刚佛，犹如车轮，十分别致。

　　藏族的天文历算也有较悠久的历史丰富的文献资料和长期的实践经验。从前人们对宇宙的认识是较为简单、粗浅、直观的。随着社会的进步，科学的发展，对天体和自然界的认识不断推向新的阶段，开始能分辨出太阳系里的一些行星和卫星。如土星、木星、火星、金星、月球等。将天上一些星的集合体分成二十八宿，把天穹分成十二宫，把地面分成十二部分（即十二个地支）。十二地支配上十二属相成为十二地支属相。藏族天文历算因在自己传统的基础上吸收融合了印度，尼泊尔和内地汉历的先进可取部分而逐渐变得合乎规律和科学化。公元641年，文成公主进藏时带来了许多天文历算的经典。与此同时，西藏派４名藏族青年去长安求学，学习了《九部续》、《三部释解》等历算典籍，并译成藏文带回西藏，对西藏的天文历算产生了一定影响。公元８世纪，黄历历书《暮人金算》、《达那琼瓦朵》等传入藏区，尼泊尔的《嘎尼羊孜》也相续传人雪域。此后金城公主进藏，又将《算学七续圣典》、《八支》等译成藏文。内地历算学家班智达达瓦纳波到雪域后，仔细观察研究了青藏高原的气候，编撰了《冬夏至图表》、《五行珍贵之明灯》等历算典籍。藏族历算学家鲁布泊桑杰益西反复研究日影、发明了准确测算夏至冬至、春分秋分的“土赤普”仪器，对西藏天文学的研究作出了贡献。公元１１世纪，克什米尔的班智达达瓦贡布入藏，与著名藏族翻译家卓西饶札合作将《时轮释难》一书由赞文译成藏文。此年正是火兔年(即公元1027年)，由达瓦沃赛以此年为第一绕迥(胜生，原为印度计年法)，创制了藏历历法，形成藏历年制，沿用至今。公元1915年(藏历木兔年)，西藏创办了“门孜康”(即医算局)，广招学徒，系统讲授天文历算理论，培养了不少这方面的人才。塔尔寺时轮学院对青海藏族天文历算学的学习和运用方面起了较大作用，也为青海、内蒙古的藏族、蒙古族培养了一些天文历算学者。天文历算在牧区的生产生活中经常应用，至今它还能比较准确地解释一年中总的气象趋势、季节变化、雨水大小及各种灾害等情况。据说时轮学修养高深的学者，能够较准确地解释预报五星的各种运动现象，日食月食的日期以及地震的发生等。对此颇受学术界重视，只不过没有广泛弘传和深入研究而已。据说塔尔寺时轮学院有成就的僧人在测算到有日月食或地展发生前，将发生的基本情况和大概时间写在纸上，悄悄贴在大经堂的墙上或门上，但不署姓名，唯恐预测不准而惹人议论。

　　该学院学僧学完规定课程后，能熟练地背诵《时轮根本释》，在僧会上经过答辩，考试成绩优秀者，可授予“泽然巴格西”(历算学博士)学位。按学院规定，也有破例授予荣誉学位的泽然巴格西。