据说，今日的侯家巷一带，早在元代即散居着不少农户，他们以种瓜种菜为业，靠此糊口，维持生计。用现在的话说，是典型的城郊型农民。在这些瓜菜农中，以侯氏宗族人口最多，财力大，居住最集中，所以，便以侯氏之 居住最集中，所以，便以侯氏之姓做了这个居住点的名称，叫做侯家巷子。

　　明洪武初，国祚初定，被逐出长城的元朝残余势力，时刻图谋南下。作为神京右臂的山西承宣布政使司的防务异常重要，山西的中枢——太原府被列为国家九边重镇之一。为加强太原的军事防御力量，太祖朱元璋命令永平候谢成扩建太原城。于是，本是太原东郊的侯家巷子，被扩入城内，成为府城东南隅的一条街巷，其民户则仍以种植和贩卖瓜菜为业。

　　明嘉靖九年（1530年），山西按家副使陈讲，在侯家巷西段的瓜菜地上（今市公安局所在地），辟建院舍，开办了“晋阳书院”，召收城中学土、仕子讲读于此。未几，更书院之名为“河汾书院”。于是，侯家巷之名随着书院的兴建而更改为“书院街”。

　　明代中叶，书院盛行于各府郡州治地，书院中“讲学自由，议论朝政，裁量人物（评价官员好坏）”的“清议”之风风靡一时，对当时的社会风气和吏制颇有影响。对此，朝廷权贵和地方高官，深怀妒嫉。万历帝朱翊钧登基不久，便采纳了执政宰相张居正之奏疏，“诏毁天下书院”。太原的“河汾书院”，亦未能幸免，终于在万历七年（1579年），被废止停办。直至万历二十一年（1593年），魏元贞担任山西巡抚时，才托词以建“三立祠”为名，另建了实质上的“三立书院”，并迁址于右所街（今旧城街一带）。

　　据地方史料记载，明万历之前，山西每三年举行一次的乡试，从没有固定的地方，或在抚院——巡抚衙门，或在太原知府衙门。万历三十八年，山西提学使王三才，在三立祠新建考棚五十间，至此总算解决了晋省乡试无定址的窘迫局面。

　　明清之际，太原多经战乱，及至清初三立书院已是颓废不堪。清顺治十七年（1660年），山西巡抚白如梅，在书院街河汾书院故址，新建院舍百余间，将三立书院由新建的满城中迁去。雍正十一年（公元1733年），诏令各省省会设立书院，并拨银千两作创办经费。太原的三立书院遂由地方官办，一跃成为国家创办的晋省最高学府，复名晋阳书院。逮至乾隆十三年（1748年），山西巡抚唯泰扩建书院。乾隆十八年（1753年），新任巡抚胡宝（王泉），购得学院东面的（今太原师专）开阔空地新盖讲堂、书舍，并新建祀祭前明殉节巡抚的殿舍。乾隆二十九年（1764年），又一任巡抚再建学会四十余间以及奎星楼、大照壁等，晋阳书院发展到鼎盛，书院街成为太原名震一时的地方。不太长的街道两头，两座气宇轩昂的过街牌楼，端庄雄宏的书院大门，华丽儒雅的龙门照壁，高耸显赫的奎星楼，以及络绎不绝的学子名家……，大有“灯油将尽火更红”之势。

　　鸦片战争后，清政府日趋衰弱。庚子赔款后，山西地方赔款的50万两白银之中，一部份被做为筹办山西大学堂的基金。光绪二十九年（公元1903年），筹办山西大学堂的机构，购得书院东段200余亩瓜菜地和居民住宅（今太原师专校址），与晋阳书院和令德堂合并，成立山西大学堂。随着晋阳书院的消亡，书院街的名称亦重新被侯家巷取代，逐渐鲜为人知。而侯家巷的住户们，也在这次山西大学堂建校中，大多迁出，所剩无几。

　　如今的侯家巷，西段驻太原市公安局（原晋阳书院故址），东段为太原师范专科学校，西起五一广场东北角，东至文津巷南口，全长320余米，均宽14米左右，是太原市文化教育与居民住宅的混合区。